В основе, очевидно, слово ягода (ягодка) в одном из его значений (в польском, например, "щеки). Через ступень прозвища (например, ягодин - "щекастый) фамилия пришла из западноукраинских и западнорусских говоров. Личное имя Ягода документировано в 1495г. - крестьянин Ивашко Ягода. (Н). Есть еврейская фамилия Ягода: Jehuda; Иегуда иногда видоизменяется в Ягода "ягода" с ударением, как в польском язык. (У).