ЗАКОВЫЧКА, заковычки, жен. (прост.).
1. Препятствие, неожиданная помеха, задержка. Не пойму, в чем тут заковычка.
2. Хитрость, лукавство, недомолвка, намек. Он говорил прямо, открыто, без всяких заковычек.
заковычка
Толковый словарь Ушакова
Сборник слов и иносказаний
заковычка (иноск.) - помеха, т.е. "крючок" - похожий на запятую, на "остановку" в письме, а также на закавычки ("")
Ср. "Тут есть заковырка, закорючка, заколупка".
Ср. Потом-с (сыграем) - некоторые сцены из "Женитьбы". Вот тут и маленькая заковычка: действующих лиц много...
Писемский. Комик. 1. Собрание любителей.
Ср. Буты чи не буты - ось в чим заковыка.
Малорос. перев., приписываемый Старицкому Александровским ложно (?).