Вовсе необязательно, что первый носитель такой фамилии был скупердяй, который складывал все в кубышку, т.е. в копилку. Скорее всего фамилия произошла от слова кубыш - вызанка хвороста и обозначает род занятий. (Э) В русском языке достаточно редки фамилии без специальных образующих суффиксов, поэтому Кубыш и Кубышка могут быть и украинскими, где фамилии такого типа встречаются часто.