Нила - производная форма имен Нил, Саторнил и других, еще менее известных. (Ф). Но тогда было бы более вероятна фвсмилия Нилов. А уменьшительная форма Нила может быть о женского имен Неонила - молодая, новая (греч.). (Э). . Такая фамилия в имеющийхся у меня источниках не рассматривается. Могу предложить следующее объяснение. Суффикс -ус используется в украинских фамилиях образованных от имен (Петр - Петрусь, Клим - Климус). Об этом можно прочитать в книге Унбегауна "Русские фамилии". Фамилия Нилус могла быть образована таким же способом от иени Нил.