В большинстве случаев эти фамилии образованы от прозводной формы крестильного имени Яков - Якуш. Якуша.(Э,Н) См. Яковлев Фамилии без специальных суффиксов - Якуш - характерны для украинской и белорусской ономатики.
Но в словаре Дале есть другое значение слова "якушъ (волж.) - долбежник, плотник-резчик, резки украшений на избы и на суда ". Название специальномсти отца могло стать основой фамилии. И там же якуша - "зелена лягушка"