Пустовойт - очевидно, войт (сельский староста в западных районах), владения которого были опустошены пожаром, голодом, эпидемией. (Ф) Такие фамилии обычно носят оценочный характер: никакой из себя был вой (воевода), никакой боярин. Родственные фамилии: Пустодомов, Пустоселов, Пусторослев. (Э) У Даля пусторосль - дряной кустарник, безлесье; пустоселье - разоренное, покинутое село