Гаркун - тот, кто гаркает, то есть громко, отрывисто кричит, или говорит повышенным тоном. (Ф). В основе фамилии прозвище Гаркун (которое могло быть и мирским именем). Скажем по уркаинский гаркуша - ворона. Отсюда варианты фамилий - Гарканов, Гаркавый. (Э) Гарканье - крик, зов, зычный голос, гаркун, гаркунья, гаркуша - крикун, горлан, горлопан, горкотать - горланить.(Даль)