Отчество от крестильного имени Исаак(в святцах Исаакий - 16 святых) (из евр. - смеющийся), точнее его сокращенной формы Исак.
Из дополнений посетителей
Есть мысль о том, что данная фамилия пришла к нам из Азии. Видимо первоначально могла звучать как Исхкаков. Затем буква Х была проглочена в живой речи.