Фамилия из запросов посетителей. В имеющихся у меня источниках такая фамилия не объясняется. Можно предложить следующие.. Прозвище каныга, ставшее основой фамилии может быть вариантом ханыга в значении попрошайка, канюка (Даль) от глагола канючить.
Каны́гин Александр Васильевич (р. 1936), геолог, член-корреспондент РАН (1991). Основные труды по стратиграфии, палеобиогеографии, палеонтологии.
* * *
КАНЫГИН Александр Васильевич - КАНЫ́ГИН Александр Васильевич (р. 1936), российский геолог, член-корреспондент РАН (1991). Основные труды по стратиграфии (см. СТРАТИГРАФИЯ), палеобиогеографии, палеонтологии (см. ПАЛЕОНТОЛОГИЯ) .
Большой энциклопедический словарь
КАНЫГИН Александр Васильевич (р. 1936) - российский геолог, член-корреспондентРАН (1991). Основные труды по стратиграфии, палеобиогеографии, палеонтологии.