Колтун - болезнь волос на голове, бывшая весьма распространенной в условиях крайней бедности и антисанитарии. Об одном из тысяч крестьян, согнанных на строительство железной дороги между Петербургом и Москвой, "высокорослом, больном белорусе", в знаменитом стихотворении Некрасова говорится: Вечно в воде по колено стоявшие Ноги опухли; колтун в волосах. Колтун - либо прозвище больного колтуном, либо "профилактическое" имя ребенка, даваемое ему для того, чтобы он этой болезнью не заболел.(Ф)
Ковтун, Ковтунов -скорее всего в этом же ряду.
Ковтуны в чибири это еще и пельмени. Так что Ковтунов может быть из рядя "пищевых".