От "сапети", то есть сопеть. Так могли назвать сладко посапывающего в своей колыбельке малыша. Имя это закреплялось подчас на всю жизнь. (Ф) В словаер Даля сопа (Сопин, Сопиков), сопуля, сопун тот кто сопит, тяжело дышит, а также в разных говорах лентяй, соня
Другой возможнй вариант, от крестильного имени Софон (см. Сафонов), через форму Сапон - Сапун. Фамилия или имя могли быть переосмысленны по глаголу сапет, (сопеть).