Отчество от прозвища Чупаха из нарицательного чупаха - "грязнуля, замарашка" (Н). А еще чупаха - обруселая мордовка из-за р.Пьяны. (Даль)
Фамили Чупаев из вопросов посетителей. Основа ее имя или прозвище Чупай, видимо, восходящего к глаголу чупкаться, чупахать - грязниться, мараться. (Даль)