Фамилия поморская. Шерга на Русском Севере означает: мелкие стружки, сор. Стало быть, родоначальник Шергиных был либо плотник, либо корабельный мастер.. (Э).
Выходцы из тюркской среды не позже середины XV века, т.к. во второй половине XV века и позже они широко известны в Коломенском уезде, например, Константин Яковлевия Серефядинов, послух около 1485 года в Коломне (Веселовский 1974, с. 366). В XVI веке активно использовались как послы в тюркские земли: Иван Васильевич Шерефетдинов Ч посол в Ногаи со служилыми людьми в 1564 году (ПСРЛ, 29, с. 334, 340), Андрей Шерефетдинов, дьяк Ч посол в Крым в 1584 году (РБС, II, с. 43). Фамилия от арабо-тюркского Шереф - Шараф ад-дин "слава религии" (Гафуров 1987, с. 210). (СТ). Шарафеев - результат искусственного сокращения фамилии. Отсечение второго компонента -утдинов, -етдинов и добавление суффиксов -ов, -ев связано со стремлением к моделям русских фамилий.