Возможно от прозвища, связанного с названием оружия: шестопер - "вид булавы".(У) Фамилия записана в Валдайском уезде Новгородской губернии в 1914аг. Возможно, есть связь с названием старинного оружия: шестопера- "род булавы с наконечником в форме пучка перьев стрелы, употреблявшийся как холодное оружие" (Сл. Ушакова). Вероятнее всего же связь с костромским (по В.И.аДалю) словом шестипер в значении "шерстобит", т.е. "взбивающий шерсть".(Н)